طلب: برامج للتعامل مع ملفات تحاليل Mass, GC, LC Spectra

H

haaleem2060

New Member
حتاج برنامج x-caliber الخاص بفتح تحاليل GC-MS او ان امكن اي برنامج يفتح الداتا ..كمان لو ممكن برنامج يفتح داتا ( raw data)LCMS برنامج masslynex
 
السلام عليكم
البرامج التالية مخصصة للتعامل مع تحاليل Mass Spectra ، وهي مجانية، والبرنامج الأول هو الأحدث
==
برنامج
OpenMS
https://www.openms.de/download/openms-binaries/
https://github.com/OpenMS/OpenMS/releases
https://abibuilder.informatik.uni-tuebingen.de/archive/openms/OpenMSInstaller/release/2.4.0/
وهو متوافق مع ويندوز 64 بت فقط
رابط التحميل
[hide]https://abibuilder.informatik.uni-t...nstaller/release/2.4.0/OpenMS-2.4.0-Win64.exe
أو
https://github.com/OpenMS/OpenMS/releases/download/Release2.4.0/OpenMS-2.4.0-Win64.exe[/hide]
===
برنامج
Mass++l
وهو متوافق مع ويندوز 32 و 64 بت
روابط التحميل
[hide]https://osdn.net/projects/mspp/downloads/63318/MassppSetup2_7_5-20150612-x64.exe/
أو
أصدار
32 بت
https://osdn.net/projects/mspp/downloads/63318/MassppSetup2_7_5-20150612-x86.exe/[/hide]
===
لكن شخصيا لم أجرب كليهما، فضلا قم بتجريبهم، وأخبرنا إن كانا يتعاملان مع ملفات x-caliber أم لا​
 
نزلته اخى الكريم وللاسف لم يفتح الملفات ...كذلك ملفات LCMS الخاصه ببرنامج masslynex
 
التعديل الأخير بواسطة المشرف:
السلام عليكم
حتى نوضح الأمور، هناك نوعان من ملفان raw
ملفات raw الخاصة ببرنامج Xcalibur وتسمى
Thermo raw files
و
ملفات raw الخاصة ببرنامج masslynx وتسمى
Water .raw files
والأخيرة تكون عبارة عن ملف مضغوط عند فك ضغطه ينتج مجلد بداخله ملفات بامتدادات مختلفة مثل (.dat, txt. sts, ini وغيرها)
وكليهما مختلف تماما عن الآخر من ناحية المعايير
===
وأحد البرامج المجانية التي تتعامل مع كليهما مباشرة وبدون مشكلة هو
logo.png

http://mzmine.github.io/
وهذا رابط لشرح استخدامات وخصائص البرنامج
http://mzmine.github.io/documentation.html
---
رابط التحميل الاصدار
MZMine 2.38
[hide]https://github.com/mzmine/mzmine2/releases/download/v2.38/MZmine-2.38.zip[/hide]
===
البرنامج يعتمد على وجود التطبيقات التالية مثبتة على الجهاز قبل تشغيله:
أولا
Java SE runtime
https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jre8-downloads-2133155.html
---
ثانيا
R installer
من الرابط التالي
https://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/base/R-3.5.3-win.exe
---
كيفية تشغيل MZMine تحت نظام ويندوز
البرنامج من النوع المحمول، أي لا يحتاج لتثبيت،
بعد تحميل ملف البرنامج، نقوم بفك ضغط الملف الناتج لنحصل على مجلد أصفر داخله داخل عدة ملفات و 3 مجلدات، ما يهمنا منها هو الملف المعنون بـ
startMZmine_Windows
ننقر عليه لنقوم بتشغيله وننتظر حتى يتم تحميل الواجهة الرئيسية للبرنامج
---
لتشغيل ملفات
raw
من شريط أدوات البرنامج نضغط على
Raw data method
ثم من القائمة المنسدلة نختار
Raw data import
لتظهر نافذة لتحديد مسار ملفات raw
في حالة
Thermo raw
نحدد مسار موقع الملف ذي الامتداد .raw على الجهاز بدون مشاكل
---
أما في حالة
Water raw
نقوم بفك ضغط الملف أولا، ثم نحدد مسار التشغيل داخل المجلد الناتج نفسه - وليس الملف المضغوط - حتى يتعرف البرنامج على الملفات داخل المجلد مباشرة ليقوم بالتعامل معها وفتحها​
 
لدينا أيضا البرنامج المجاني الرائع
ProteoWizard
proteowizard-logo.jpg

http://proteowizard.sourceforge.net/
===
رابط التحميل
[hide]https://sis.id.ethz.ch/envipy/pwiz-setup-3.0.10051-x86_64.msi[/hide]
===
يشتمل هذا البرنامج على تطبيقين رئيسيين
MSconvert
و
SeeMS
---
التطبيق الأول، يقوم بتحويل ملفات raw بنوعيها (Thermo and water) إلى هيئات أكثر شهرة مثل (MzXL , MZxlm) بحيث تتعامل معها كل تطبيقات Mass , LC , GC ​

والتطبيق الثاني، عبارة عن (Viewer) يقوم بفتح واستعراض عدد من هيئات الملفات الشائعة ومن بينها raw بنوعيها مباشرة، وبكافة التفاصيل الملحقة بالملفات.
===
ومن وجهة نظري هو يتفوق على برنامج
MZmine
من حيث سهولة الاستخدام، وخاصية تحويل الملفات التي تتم بدقة عالية، وعرضه لكافة البيانات المدمجة في ملفات التحاليل، كما أنه لا يستند لبيئة جافا التي أحيانا ما تسبب مشكلة عند تشغيلها تحت أنظمة ويندوز​
 
اخى بدايه اشكرك علي المجهود و قد قمت بتنزيل البرنامجين ولم يفتح اي منهم ملفات LCMS كذلك فشل في تحويلها الي اي صيغه اخري يمكن التعامل معها .... اعتقد ان برنامج ACD lab به خاصيه فتح تلك الملفات والتعرف علي الداتا بها كذلك الاصدارات الحديثه من Xcaliber ولكنها للاسف غير ممكنه مجانا ف لو فيه امكانيه بمثل هذه البرامج ...
 
haaleem2060 قال:
اخى بدايه اشكرك علي المجهود و قد قمت بتنزيل البرنامجين ولم يفتح اي منهم ملفات LCMS كذلك فشل في تحويلها الي اي صيغه اخري يمكن التعامل معها .... اعتقد ان برنامج ACD lab به خاصيه فتح تلك الملفات والتعرف علي الداتا بها كذلك الاصدارات الحديثه من Xcaliber ولكنها للاسف غير ممكنه مجانا ف لو فيه امكانيه بمثل هذه البرامج ...
أنقر للتوسيع...
وفقا لما أرسلته لي من ملفات بصيغتي raw ، فقد نجح كلا البرنامجين تماما في التعامل مع الملفات التي أرسلتها، والبرنامج الثاني نجح في عملية تحويل وعرض كل البيانات الموجودة.
 
mann1 قال:
وفقا لما أرسلته لي من ملفات بصيغتي raw ، فقد نجح كلا البرنامجين تماما في التعامل مع الملفات التي أرسلتها، والبرنامج الثاني نجح في عملية تحويل وعرض كل البيانات الموجودة.
أنقر للتوسيع...

السلام عليكم دكتورنا الكريم واسف تعبت حضرتك معايا . ربنا يجزيك الخير كله .
بعد اذنك . الصوره دى بتظهر معايا عند فتح ملفات LCMS المشكله ايه ؟ وما الحل؟


https://photos.google.com/photo/AF1QipMjRtCzBifZiKHGmaBIAb-eUs7xGwAO9K538nzE

https://photos.google.com/photo/AF1QipMnQCnbAXUp-ZJs4A_2aCB9tlqoIYJIssi_7fuP
 
haaleem2060 قال:
السلام عليكم دكتورنا الكريم واسف تعبت حضرتك معايا . ربنا يجزيك الخير كله .
بعد اذنك . الصوره دى بتظهر معايا عند فتح ملفات LCMS المشكله ايه ؟ وما الحل؟
https://photos.google.com/photo/AF1QipMjRtCzBifZiKHGmaBIAb-eUs7xGwAO9K538nzE
https://photos.google.com/photo/AF1QipMnQCnbAXUp-ZJs4A_2aCB9tlqoIYJIssi_7fuP
أنقر للتوسيع...
وعليكم السلام
لا يوجد أي نوع من التعب، ربنا ييسر أمورك
الصور لم تظهر، قم برفعها على أي موقع عام لرفع الصور، او ارفعها على جوجل خارج حسابك
هذا رابط لملف water raw الذي أرسلته لي من قبل وقد قمت بتحويله لصيغة mzML ، وهي أحد الصيغ الشائعة التي يمكن لكل البرامج السابقة فتحها بسهولة.
[hide]https://www.mediafire.com/file/5dv7hxsocap0w8u/J77.rar/file[/hide]
---
وهذ صورة tic Chromatogram و Spectra لنفس الملف بعد فتحها بواسطة تطبيق SeeMS ولكن بهيئة water raw مباشرة بدون تحويل، اي بصيغة الملف الاصلية التي أرسلتها.
1.jpg

2.jpg
 
haaleem2060 قال:
شكرا جدا جدا
دا لينك الصور في ملف اخر
https://drive.google.com/open?id=1BlWhL4SD3kbZBIuHFSSsfceX0NobHXlk
أنقر للتوسيع...
الشكر لله وحده أخي الكريم
أعتقد أنك تحتاج لتثبيت حزم البرامج التالية للويندوز قبل تشغيل البرنامج
Microsoft Visual C++ 2008 SP1 Redistributable Package
هذه حزمة ويندوز 32 بت، إن كانت النسخة لديك 64 بت فثبت النسخة المناسبة لجهازك
https://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=5582
--
Microsoft .NET Framework 3.5 Service Pack 1
https://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=22
---
NET Framework 4.7.2
https://dotnet.microsoft.com/download/thank-you/net472
غالبا حتى بعد تنزيل هذه الحزم خاصة الثانية والثالثة يجب ان يكون الجهاز متصل بالنت، حتى يستكمل عملية التثبيت، ولا تقم بقطع الاتصال أثناء التحميل.
 
يجب تسجيل الدخول أو التسجيل كي تتمكن من الرد هنا.
عودة
أعلى