شرح طريقة استخدام برنامجى Chemcraft @ Gaussian لعمل التوقعات النظرية و معرفة طبيعة المركبات

المصدر: شرح طريقة استخدام برنامجى Chemcraft @ Gaussian لعمل التوقعات النظرية و معرفة طبيعة المركبات
في منتدى : العلوم العامة والبرامج العلمية

بسم الله الرحمن الرحيم
السلام عليكم و رحمة الله و بركاته ​

هذا المحتوى يظهر للاعضاء المسجلين فقط:

هذا المحتوى يظهر للاعضاء المسجلين فقط:

اساتذتى و اخوانى و اخواتى ..

قد يكون من الأهمية بمكان معرفة طبيعة المركبات التى نتعامل معها قبل ان نجرى التجارب المختلفة عليها لتجنب مخاطرها و آثارها الضارة من ناحية و تسهيل العمل عليها و توفير الوقت و الجهد من ناحية اخرى و هذا ما يساعدنا فيه البرنامجين اللذين اقوم بشرحهما لكم اليوم

Chemcraft @ Gaussian​

اولا:- لتحميل برنامج Chemcraft البرنامج موجود بالفعل على المنتدى بمشاركة مميزة من الأخ الكريم رضوان النجار على هذا الرابط



ثانيا :- لتحميل برنامج Gaussian من هذا الرابط



ثالثا :- شرح البرنامجين

* تنصيب البرنامجين تنصيب عادى جدا ليس بة اى اختلاف و الأكواد التفعيلية ايضا موجودة مع البرنامجين و التفعيل سهل جدا و عادى جدا
* بعد التنصيب نقوم بفتح برنامج Chemcraft و بالضغط على قائمة Edit و هى القائمة التى سنستخدمها كثيرا لتحسين المركب و اعداده للعمل عليه و يظهر فيها الآتى

​

* الأمر Add atom عند الضغط عليه يظهر الجدول الدورى المرفق مع البرنامج كالتالى



* نقوم بالضغط على ذرات المركب المطلوب التحرى عنه ... ضغطة على الذرة فى الجدول الدورى ثم ضغطة اخرى على منطقة العمل البيضاء فى البرنامج فيتم ادراجها كما يظهر بالصورة السابقة.

* نقوم بالضغط على الذرة المدرجة فى المنطقة البيضاء فتتحول للون الأبيض دليلا على اننا عملنا select لها ... نقوم بعمل هذا مع كل ذرتين نريد اضافة رابطة بينهما _ لابد من ان يكونوا ذرتين فقط فى كل مرة _ ثم نقوم بالضغط على امر Add/remove bond فيتم عمل رابطة بينهما كما بالصورة



* يظهر المركب الذى اخترناه امامنا بعد اضافة الروابط بين الذرات كالتالى بصورة ثلاثية الأبعاد كالتالى و ليكم مثالا عليه غاز الميثان CH4


* تحت شريط القوائم يوجد شريط آخر به امر ين منشطين هما Image و هو الذى يحتوى على منطقة العمل على المركبات و Coord نقوم بالضغط عليه فيظهر مجموعة من الأرقام فى عدة صفوف نقوم بعمل copy لهذه الرقام كما هى موجودة مع مراعاة الدقة الشديدة فى ذلك كالتالى


* نقوم بعد ذلك بفتح برنامج Gaussian و من شريط القوائم نتجه الى قائمة File و نختار منها الأمر New كما هو مبين


* يظهر لنا هذة النافذة Job Entry بها مجموعة من البيانات المطلوب ملئها بأوامر معينة كما هو موضح بالصورة التالية


* يتم مليء هذة البيانات بأوامر كالتالى :-
- الأمر الأول نكتب فية كما هو موضح بالصورة ... نكتب اسم المركب الذى نريده بعد علامة يساوى ... مع مراعاة عدم وجود مسافات بين حروف الأمر
- الأمر الثانى و هو اهم هذة الأوامر نكتبه ايضا كما هو موضح مع مراعاة وجود المسافات فى اماكنها و مراعاة الحروف الكبيرة و الصغيرة و الرموز فى اماكنها ... يفضل عمل زووم للصورة عند كتابة الأوامر منها لإيضاحها ...
- الأمر الثالث نكتب فيه رمز المركب و يراعى كتابة الحروف كبيرة و اذا كان مكون من حرفين مثل الكلور مثلا Cl نكتب الحرف الأول كبير و الآخر صغير و هكذا...
- الأمر الرابع charge & multiplicity نكتبه كما هو موضح 0,1 فى حالة كان المركب متعادل و نكتبه 0,2 فى حالة كان المركب free radical و عرفناها من قانون ال (1+multiplicity= 2nI) ...و هو يحتاج شرح منفصل سأحاول وضعه منفصلا فى مشاركة اخرى حتى لا نتشتت الآن ... و فى حالة ان المركب به شحنة نغير الصفر بقيمة الشحنة
- الأمر الخامس نقوم فيه بعمل paste لمجموعة الأرقام التى نسخناها من ال Chemcraft كما هى و نعيد و نؤكد على مراعاة الدقة لأن اى خطا فى مسافة او رمز لا يتم العملية ابدا

* من نافذة Job Entry نتجه الى قائمة File و نختار save job as و نقوم بتسميته input و نحفظه فى المكان الذى نريده و ليكن سطح المكتب كما هو موضح بالصورة


* توجد مجموعة من الأزرار على اقصى اليمين من نافذة Job Entry نختار منها اول امر و هو Run فتظهر النافذة التالية نقوم بحفظ العملية بإسم output كما هو موضح بالصورة


*عند الضغط على زر save يبدأ البرنامج فى اجراء حساباته و عملياته على المركب و هو ما توضحه الصورة التالية


*عند انتهاء البرنامج يقوم بكتابة عبارة Normal termination كدليل على انتهاء البرنامج من حساباته كما هو موضح فى الصور التالية بالسطر الأخير


* نقوم بفتح برنامج Chemcraft و نتجه الى قائمة file و نختار امر open


* نختار الملف الذى حفظناه بإسم output ثم نضغط زر open


* يقوم البرنامج بفتح المركب بعد عمل الحسابات المختلفة عليه فى الصورة التالية يظهر على اليسار job 1 و هى التى تتعلق بطاقة المركب (E(min و هى التى نستخدمها فى الحسابات و التى من خلال حساب دلتا E للمعادلة المعطاه بعد عمل السابق لكل مركب فيها و تعيين ال (E(min له نستطيع التنبؤ بالتفاعل هل هو طارد ام ماص للحرارة و هى احدى مميزات البرنامجين الرااااااااااائعة


* يظهر ايضا job 2 و هى المتعلقة بال frequencies لحركة روابط المركب فى الفراغ و هى ايضا ميزة جميلة لدارسى الكيمياء الفراغية


* من قائمة View نستطيع معرفة الكثير عن المركب كما هو مبين من الأوامر نستطيع اظهار محاور المركب ... كيمياء البلورات ... و اظهار قوى Van Der Waal فى المركب و من القائمة الفرعية نستطيع معرفة طول الروابط بين ذرتين و الزاوية بينهما و ذلك بعد عمل select لهما كما وضحنا سابقا


* ملاحظات :-
- عند فتح قائمة Edit يظهر لنا امر مهم اسمه Add fragment عند الضغط عليه يظهر لنا مربع صغير كالتالى



- هذا المربع يحتوى على Templates نماذج لمركبات جاهزة للإستخدام توفيرا للوقت و ايضا مع اضافة بعض التعديلات عليها بحذف او اضافة ذرات اخرى يمكن ان تتوافق مع المركب الذى نريده .. تظهر لنا النماذج تحت عناوين simple molecules , acids , bases , rings , macromolecules , -R- , -R انا افضل ادراج المركبات من هذه النماذج لأنه يعطى دقه افضل فى الأرقام التى نأخذها من ال Chemcraft لوضعها فى ال Gaussian
- نختار المركب الذى نريده ثم ندخله بالضغط عليه مرة و بالضغط على منطقة العمل البيضاء مرة اخرى فيظهر فيها

* فى الصورة الثانية لبرنامج Chemcraft فى اول الموضوع يظهر شريط ادوات نستطيع منه ترقيم المركب و اظهار اسماء ذراته .. كما نستطيع تحريك المركب فى اتجاهات مختلفة من شريط الأدوات الموجود فى اقصى يمين واجهة البرنامج و اترككم لإكتشاف تلك المزايا وحدكم لتستمتعوا بها و تتعلموها فى نفس الوقت

** الشرح السابق هدية منى الى د. سعد و كل المهتمين و فى حالة اى استفسار انا حاضر ان شاء الله رب العالمين كما ارجو ابداء الرأى فى الموضوع و هل هو واضح ام مبهم و هكذا

كما سأحاول رفع برنامج ال Gaussian مرة اخرى و لكن لم استطع تقسيمه .. البرنامج مساحته حوالى 98 ميجا على الرابط الذى وضعته له

اسال الله ان يعلمنا ما ينفعنا و ان ينفعنا بما علمنا انه ولى ذلك و القادر عليه

اخوكم محمد

 

هل هذا مكان شرح البرامج العلمية؟
في اعتقادي نعم واتمنى من الأخوة المشرفين ابداء رأيهم،
اما اذا كان هنالك رأي بعكس ذلك، فاتمنى ان نصل الى اتفاق ربما وضع هذه الشروحات في القسم الفرعي "الابواب الاستشارية" أو فتح قسم فرعي آخر باسم "الشروحات العلمية" ويتضمن شروحات البرامج العلمية وشروحات أخرى ضمن ادوات البحث العلمي.
الشروحات العلمية يمكن ان تتضمن مثلا موضوع "كيفية تحليل نمط حيود الاشعة السينية" او "تحليل معطيات قياس طيف الاشعة تحت الحمراء للمواد اللاعضوية، او العضوية مع الجداول الضرورية"
واعتقد ان شروحات البرامج العلمية هي جزء من ادوات البحث العلمي التي يحتاجها كثير من الباحثين وتصب في اهداف هذا القسم في المساهمة النوعية في مسيرة البحث العلمي العربية من خلال مساعدة الباحثين الجدد او الباحثين ذوي الخبرة الذين يحتاجون الدخول الى مجالات علمية جديدة
في انتظار تعليقاتكم اخواني

 

جزاكم الله خيرا د.سعد على الإقتراح الجميل و الذى آمل ان يكون محل بحث من الأخوة المشرفين فى القسم
وفقكم الله الى كل خير
و لكم خالص تحياتى
​

 

نعم د. العراقى الإقتراح جميل جدا ارجو بحثه من قبل المشرفين
و الشكر موصول لكم دكتورنا على المرور الجميل
تحياتى لكم
​

 

السلام عليكم
بارك الله فيك اخي الكريم على الفكرة وعلى المجهود الواضح في الشرح المبسط والوافي للبرنامج

اوافق قلبا وقالبا على الموضوع
لي فقط ملاحظة بسيطة كي تعم الفائدة
ممكن نضع 10 برامج مثلا يتم الاتفاق عليها ونشرح واحد كل اسبوعين مثلا على ان نجعل من يساعدنا من الاعضاء بعض المميزات كالحصول على بعض النقاط أو الأوسمة أو أي مميزة أخرى يتفق عليها 

 

جزاكم الله كل خير ... فعلاً نفتقد لشروحات للبرامج العلمية عامة و أنا مع جعلها في قسم خاص أو باب إستشاري خاص كما ذكر أخي الدكتور سعد و ينقل إليه كل برنامج علمي مشروح ... ننتظر المزيد من الآراء و الأفكار ...

 

أنا سعيـــد جدا بهذا الـــرد،
ففيه افكار تفيد في تفعيل هذا القسم، ارجو اخذها بنظر الاعتبار اخواني المشرفين،
شكرا جزيلا أخي محمد

 

شكرا أخي الغالي على هذا الاهتمام والرعاية،
ارى ان شعبية القسم بدأت تزداد والحمد لله

 

قسم شروحات البرامج العلمية
ضرورة تجمع كل الشروحات ضمن قسم خاص بها يمكن ان يساهم بشكل فاعل في زيادة الثقافة التفاعلية بين الاعضاء

 

جزاك الله كل خير اخي الغالي
DNA PROFESSOR
مشاركة تفاعلية طيبة منك
ندعو الله لك بالتوفيق
حفظك الله ومكن لك
======

ان امكن اخي الغالي في الشروحات القادمة ان تجعل حجم الصورة اكبر قليلا
حتى تكون اكثر وضوحا
بارك الله فيك
​

​

 

موضوع رائع أخى الحبيب
+4

 

أشكرك أخي رضوان على هذه المشاركة الجميلة
بالحقيقة نحن نحتاج الى دم جديد للتشجيع على المشاركة
فهذه الايام ادخل الى المنتدى كأني أدخل الى غرف فارغة الا ما ندر

 

تم تجديد الروابط السابقة للبرنامجين كالآتى:-

1- برنامج Gaussian


2- برنامج Chem craft


*************************************
يرجى النقل الى قسم البرامج الخاصة بكليات العلوم

 

ممنونين جدا أخي محمد على المتابعة وتجديد الروابط
بالحقيقة نحن نحاول هنا الاحتفاظ بشروحات البرامج ومناقشتها
(blush)

​