محتويات مقالاتي صحيفة البوابة مختلفون بالشفا متجر فوريفر دروبلاي new capital compounds متجر فوريفر موقع نادي العرب واو فون خدمة الرقم الموحد موقع الرهيب دروبلاي متجر فوريفر الصفحة العربية عرضية كوبونات خصم الموسوعة مكتب ترجمة معتمد نشرات شبكة زاجل أركان المعتمر لحجز فنادق مكة والمدينة نظرتي

هل يوجد متخصص قادر على حل مشكلتي في البرمجه

الموضوع في 'قسم الكومبيوتر العام ( حل مشاكل - تبادل خبرات )' بواسطة شغف العلم, بتاريخ ‏مايو 14, 2020.

  1. شغف العلم

    شغف العلم Member

    إنضم إلينا في:
    ‏نوفمبر 30, 2007
    المشاركات:
    358
    الإعجابات المتلقاة:
    15
    نقاط الجوائز:
    18


    السلام عليكم

    اواجه مشكلة في تشغيل اكواد معينة لتحليل تسلسل الحمض النووي لاستخراض الطفرات بين عينتين الطبيعية
    والمطفرة
    قمت بتشغيل الاكواد في برنامج cygwin64 في نظام ويندوز

    ونتج عن ذلك مايلي:
    $ ./scripts/simple.sh
    rm -f gmon.out *.o a.out bwa *~ *.a
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS utils.c -o utils.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS kthread.c -o kthread.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS kstring.c -o kstring.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS ksw.c -o ksw.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bwt.c -o bwt.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bntseq.c -o bntseq.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bwa.c -o bwa.o
    In file included from kseq.h:31,
    from bwa.c:24:
    bwa.c: In function ‘trim_readno’:
    bwa.c:29:53: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    29 | if (s->l > 2 && s->s[s->l-2] == '/' && isdigit(s->s[s->l-1]))
    | ~~~~^~~~~~~~
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bwamem.c -o bwamem.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bwamem_pair.c -o bwamem_pair.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bwamem_extra.c -o bwamem_extra.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS malloc_wrap.c -o malloc_wrap.o
    ar -csru libbwa.a utils.o kthread.o kstring.o ksw.o bwt.o bntseq.o bwa.o bwamem.o bwamem_pair.o bwamem_extra.o malloc_wrap.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS QSufSort.c -o QSufSort.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bwt_gen.c -o bwt_gen.o
    bwt_gen.c: In function ‘BWTIncBuildRelativeRank’:
    bwt_gen.c:878:10: warning: variable ‘oldInverseSa0RelativeRank’ set but not used [-Wunused-but-set-variable]
    878 | bgint_t oldInverseSa0RelativeRank = 0;
    | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    bwt_gen.c: In function ‘BWTIncMergeBwt’:
    bwt_gen.c:952:15: warning: variable ‘bitsInWordMinusBitPerChar’ set but not used [-Wunused-but-set-variable]
    952 | unsigned int bitsInWordMinusBitPerChar;
    | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bwashm.c -o bwashm.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bwase.c -o bwase.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bwaseqio.c -o bwaseqio.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bwtgap.c -o bwtgap.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bwtaln.c -o bwtaln.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bamlite.c -o bamlite.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS is.c -o is.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bwtindex.c -o bwtindex.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bwape.c -o bwape.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS kopen.c -o kopen.o
    In file included from kopen.c:4:
    kopen.c: In function ‘kftp_get_response’:
    kopen.c:161:39: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    161 | if (n >= 4 && isdigit(aux->response[0]) && isdigit(aux->response[1]) && isdigit(aux->response[2])
    | ~~~~~~~~~~~~~^~~
    kopen.c:161:68: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    161 | if (n >= 4 && isdigit(aux->response[0]) && isdigit(aux->response[1]) && isdigit(aux->response[2])
    | ~~~~~~~~~~~~~^~~
    kopen.c:161:97: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    161 | if (n >= 4 && isdigit(aux->response[0]) && isdigit(aux->response[1]) && isdigit(aux->response[2])
    | ~~~~~~~~~~~~~^~~
    kopen.c: In function ‘cmd2argv’:
    kopen.c:238:19: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    238 | if (!isspace(cmd)) break;
    | ~~~^~~
    kopen.c:241:19: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    241 | if (!isspace(cmd[beg])) break;
    | ~~~^~~~~
    kopen.c:244:18: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    244 | if (isspace(cmd) && !isspace(cmd[i-1]))
    | ~~~^~~
    kopen.c:244:38: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    244 | if (isspace(cmd) && !isspace(cmd[i-1]))
    | ~~~^~~~~
    kopen.c:250:18: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    250 | if (isspace(str)) str = 0;
    | ~~~^~~
    kopen.c: In function ‘kopen’:
    kopen.c:285:17: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    285 | if (!isspace(*p)) break;
    | ^~
    kopen.c:291:17: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    291 | if (ispunct(*q) && *q != '.' && *q != '_' && *q != '-' && *q != ':')
    | ^~
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS pemerge.c -o pemerge.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bwtsw2_core.c -o bwtsw2_core.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bwtsw2_main.c -o bwtsw2_main.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bwtsw2_aux.c -o bwtsw2_aux.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bwt_lite.c -o bwt_lite.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bwtsw2_chain.c -o bwtsw2_chain.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS fastmap.c -o fastmap.o
    In file included from fastmap.c:7:
    fastmap.c: In function ‘main_mem’:
    fastmap.c:170:27: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    170 | if (*p != 0 && ispunct(*p) && isdigit(p[1]))
    | ^~
    fastmap.c:170:43: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    170 | if (*p != 0 && ispunct(*p) && isdigit(p[1]))
    | ~^~~
    fastmap.c:180:27: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    180 | if (*p != 0 && ispunct(*p) && isdigit(p[1]))
    | ^~
    fastmap.c:180:43: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    180 | if (*p != 0 && ispunct(*p) && isdigit(p[1]))
    | ~^~~
    fastmap.c:185:27: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    185 | if (*p != 0 && ispunct(*p) && isdigit(p[1]))
    | ^~
    fastmap.c:185:43: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    185 | if (*p != 0 && ispunct(*p) && isdigit(p[1]))
    | ~^~~
    fastmap.c:190:27: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    190 | if (*p != 0 && ispunct(*p) && isdigit(p[1]))
    | ^~
    fastmap.c:190:43: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    190 | if (*p != 0 && ispunct(*p) && isdigit(p[1]))
    | ~^~~
    fastmap.c:215:27: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    215 | if (*p != 0 && ispunct(*p) && isdigit(p[1]))
    | ^~
    fastmap.c:215:43: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    215 | if (*p != 0 && ispunct(*p) && isdigit(p[1]))
    | ~^~~
    fastmap.c:220:27: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    220 | if (*p != 0 && ispunct(*p) && isdigit(p[1]))
    | ^~
    fastmap.c:220:43: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    220 | if (*p != 0 && ispunct(*p) && isdigit(p[1]))
    | ~^~~
    fastmap.c:222:27: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    222 | if (*p != 0 && ispunct(*p) && isdigit(p[1]))
    | ^~
    fastmap.c:222:43: warning: array subscript has type ‘char’ [-Wchar-subscripts]
    222 | if (*p != 0 && ispunct(*p) && isdigit(p[1]))
    | ~^~~
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bwtsw2_pair.c -o bwtsw2_pair.o
    gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS main.c -o main.o

    gcc -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS QSufSort.o bwt_gen.o bwashm.o bwase.o bwaseqio.o bwtgap.o bwtaln.o bamlite.o is.o bwtindex.o bwape.o kopen.o pemerge.o bwtsw2_core.o bwtsw2_main.o bwtsw2_aux.o bwt_lite.o bwtsw2_chain.o fastmap.o bwtsw2_pair.o main.o -o bwa -L. -lbwa -lm -lz -lpthread
    rm -f test/*.new test/*.tmp test/*/*.new test/*/*.tmp test/*/*.tmp.*

    المبرمج اختبره في نظام سينتوس
    وهذا المصدر https://github.com/wacguy/Simple

    تم تجربته في نظام MacOS ظهرت نفس المشكله

    ممكن مساعدتي

    وشكرا
     
  2. mann1

    mann1 رجل المواقف (مشرف سابق) إداري

    إنضم إلينا في:
    ‏يونيو 10, 2009
    المشاركات:
    17,523
    الإعجابات المتلقاة:
    18,740
    نقاط الجوائز:
    128
    الجنس:
    ذكر
    مكان الإقامة:
    مــــصـــر
    وعليكم السلام
    الكود بالأساس يعمل تحت أنظمة لينكس، ومعني أنك استخدمت cygwin64 ، أي أنك استخدمت محاكي Emulator لكي يعمل الكود تحت أنظمة ويندوز، وهذا عادة ينتج أخطاء لأن الكود يحتاج إلى حزم Packages برمجية لا تتوفر إلا تحت أنظمة لينكس، لذا الافضل هو توفيرمساحة فارعة (منفصلة) على القرص الصلب لديك، وتثبيت أي توزيعة من توزيعات نظام لينكس عليها، جنبا إلى جنب مع ويندوز.
    معظم مبرمجي التطبيقات العلمية الآن -خاصة الأكاديمية منها- يصدرون تطبيقاتهم تحت أنظمة لينكس.
    إذا لم يكن لديك خبرة سابقة بنظام لينكس ، أنصحك بتوزيعة
    MakuluLinux LinDoz
    https://www.makululinux.com/wp/lindoz/
     

مشاركة هذه الصفحة