almrsal 6y0f

طلب: برامج للتعامل مع ملفات تحاليل Mass, GC, LC Spectra

الموضوع في 'قسم البرامج العلمية' بواسطة haaleem2060, بتاريخ ‏ابريل 6, 2019.

  1. haaleem2060

    haaleem2060 New Member

    إنضم إلينا في:
    ‏أغسطس 24, 2018
    المشاركات:
    15
    الإعجابات المتلقاة:
    3
    نقاط الجوائز:
    3
    الجنس:
    ذكر
  2. mann1

    mann1 رجل المواقف إداري

    إنضم إلينا في:
    ‏يونيو 10, 2009
    المشاركات:
    17,302
    الإعجابات المتلقاة:
    18,297
    نقاط الجوائز:
    128
    الجنس:
    ذكر
    مكان الإقامة:
    مــــصـــر
    السلام عليكم
    البرامج التالية مخصصة للتعامل مع تحاليل Mass Spectra ، وهي مجانية، والبرنامج الأول هو الأحدث

    ==
    برنامج
    OpenMS

    https://www.openms.de/download/openms-binaries/
    https://github.com/OpenMS/OpenMS/releases
    https://abibuilder.informatik.uni-tuebingen.de/archive/openms/OpenMSInstaller/release/2.4.0/
    وهو متوافق مع ويندوز 64 بت فقط
    رابط التحميل
    هذا المحتوى يظهر للاعضاء المسجلين فقط:
    هذا المحتوى يظهر للاعضاء المسجلين فقط:

    ===
    برنامج
    Mass++
    l
    وهو متوافق مع ويندوز 32 و 64 بت
    روابط التحميل
    هذا المحتوى يظهر للاعضاء المسجلين فقط:
    هذا المحتوى يظهر للاعضاء المسجلين فقط:

    ===
    لكن شخصيا لم أجرب كليهما، فضلا قم بتجريبهم، وأخبرنا إن كانا يتعاملان مع ملفات x-caliber أم لا
     
  3. haaleem2060

    haaleem2060 New Member

    إنضم إلينا في:
    ‏أغسطس 24, 2018
    المشاركات:
    15
    الإعجابات المتلقاة:
    3
    نقاط الجوائز:
    3
    الجنس:
    ذكر
    نزلته اخى الكريم وللاسف لم يفتح الملفات ...كذلك ملفات LCMS الخاصه ببرنامج masslynex
     
    آخر تعديل بواسطة المشرف: ‏ابريل 9, 2019
  4. mann1

    mann1 رجل المواقف إداري

    إنضم إلينا في:
    ‏يونيو 10, 2009
    المشاركات:
    17,302
    الإعجابات المتلقاة:
    18,297
    نقاط الجوائز:
    128
    الجنس:
    ذكر
    مكان الإقامة:
    مــــصـــر
    السلام عليكم
    حتى نوضح الأمور، هناك نوعان من ملفان raw
    ملفات raw الخاصة ببرنامج Xcalibur وتسمى
    Thermo raw files
    و
    ملفات
    raw الخاصة ببرنامج masslynx وتسمى
    Water .raw files
    والأخيرة تكون عبارة عن ملف مضغوط عند فك ضغطه ينتج مجلد بداخله ملفات بامتدادات مختلفة مثل (.dat, txt. sts, ini وغيرها)
    وكليهما مختلف تماما عن الآخر من ناحية المعايير
    ===
    وأحد البرامج المجانية التي تتعامل مع كليهما مباشرة وبدون مشكلة هو

    [​IMG]
    http://mzmine.github.io/
    وهذا رابط لشرح استخدامات وخصائص البرنامج
    http://mzmine.github.io/documentation.html
    ---
    رابط التحميل الاصدار
    MZMine 2.38
    هذا المحتوى يظهر للاعضاء المسجلين فقط:
    هذا المحتوى يظهر للاعضاء المسجلين فقط:

    ===
    البرنامج يعتمد على وجود التطبيقات التالية مثبتة على الجهاز قبل تشغيله:
    أولا
    Java SE runtime

    https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jre8-downloads-2133155.html
    ---
    ثانيا
    R installer

    من الرابط التالي
    https://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/base/R-3.5.3-win.exe
    ---
    كيفية تشغيل MZMine تحت نظام ويندوز
    البرنامج من النوع المحمول، أي لا يحتاج لتثبيت،
    بعد تحميل ملف البرنامج، نقوم بفك ضغط الملف الناتج لنحصل على مجلد أصفر داخله داخل عدة ملفات و 3 مجلدات، ما يهمنا منها هو الملف المعنون بـ

    startMZmine_Windows
    ننقر عليه لنقوم بتشغيله وننتظر حتى يتم تحميل الواجهة الرئيسية للبرنامج
    ---
    لتشغيل ملفات
    raw
    من شريط أدوات البرنامج نضغط على
    Raw data method
    ثم من القائمة المنسدلة نختار
    Raw data import
    لتظهر نافذة لتحديد مسار ملفات raw
    في حالة
    Thermo raw

    نحدد مسار موقع الملف ذي الامتداد .raw على الجهاز بدون مشاكل
    ---

    أما في حالة
    Water raw
    نقوم بفك ضغط الملف أولا، ثم نحدد مسار التشغيل داخل المجلد الناتج نفسه - وليس الملف المضغوط - حتى يتعرف البرنامج على الملفات داخل المجلد مباشرة ليقوم بالتعامل معها وفتحها
     
  5. mann1

    mann1 رجل المواقف إداري

    إنضم إلينا في:
    ‏يونيو 10, 2009
    المشاركات:
    17,302
    الإعجابات المتلقاة:
    18,297
    نقاط الجوائز:
    128
    الجنس:
    ذكر
    مكان الإقامة:
    مــــصـــر
    لدينا أيضا البرنامج المجاني الرائع
    ProteoWizard
    [​IMG]
    http://proteowizard.sourceforge.net/
    ===
    رابط التحميل
    هذا المحتوى يظهر للاعضاء المسجلين فقط:
    هذا المحتوى يظهر للاعضاء المسجلين فقط:

    ===
    يشتمل هذا البرنامج على تطبيقين رئيسيين
    MSconvert
    و
    SeeMS
    ---
    التطبيق الأول، يقوم بتحويل ملفات raw بنوعيها (Thermo and water) إلى هيئات أكثر شهرة مثل (MzXL , MZxlm) بحيث تتعامل معها كل تطبيقات Mass , LC , GC

    والتطبيق الثاني، عبارة عن (Viewer) يقوم بفتح واستعراض عدد من هيئات الملفات الشائعة ومن بينها raw بنوعيها مباشرة، وبكافة التفاصيل الملحقة بالملفات.
    ===
    ومن وجهة نظري هو يتفوق على برنامج
    MZmine
    من حيث سهولة الاستخدام، وخاصية تحويل الملفات التي تتم بدقة عالية، وعرضه لكافة البيانات المدمجة في ملفات التحاليل، كما أنه لا يستند لبيئة جافا التي أحيانا ما تسبب مشكلة عند تشغيلها تحت أنظمة ويندوز
     
  6. haaleem2060

    haaleem2060 New Member

    إنضم إلينا في:
    ‏أغسطس 24, 2018
    المشاركات:
    15
    الإعجابات المتلقاة:
    3
    نقاط الجوائز:
    3
    الجنس:
    ذكر
    اخى بدايه اشكرك علي المجهود و قد قمت بتنزيل البرنامجين ولم يفتح اي منهم ملفات LCMS كذلك فشل في تحويلها الي اي صيغه اخري يمكن التعامل معها .... اعتقد ان برنامج ACD lab به خاصيه فتح تلك الملفات والتعرف علي الداتا بها كذلك الاصدارات الحديثه من Xcaliber ولكنها للاسف غير ممكنه مجانا ف لو فيه امكانيه بمثل هذه البرامج ...
     
  7. mann1

    mann1 رجل المواقف إداري

    إنضم إلينا في:
    ‏يونيو 10, 2009
    المشاركات:
    17,302
    الإعجابات المتلقاة:
    18,297
    نقاط الجوائز:
    128
    الجنس:
    ذكر
    مكان الإقامة:
    مــــصـــر
    وفقا لما أرسلته لي من ملفات بصيغتي raw ، فقد نجح كلا البرنامجين تماما في التعامل مع الملفات التي أرسلتها، والبرنامج الثاني نجح في عملية تحويل وعرض كل البيانات الموجودة.
     
  8. haaleem2060

    haaleem2060 New Member

    إنضم إلينا في:
    ‏أغسطس 24, 2018
    المشاركات:
    15
    الإعجابات المتلقاة:
    3
    نقاط الجوائز:
    3
    الجنس:
    ذكر
    السلام عليكم دكتورنا الكريم واسف تعبت حضرتك معايا . ربنا يجزيك الخير كله .
    بعد اذنك . الصوره دى بتظهر معايا عند فتح ملفات LCMS المشكله ايه ؟ وما الحل؟


    https://photos.google.com/photo/AF1QipMjRtCzBifZiKHGmaBIAb-eUs7xGwAO9K538nzE

    https://photos.google.com/photo/AF1QipMnQCnbAXUp-ZJs4A_2aCB9tlqoIYJIssi_7fuP
     
  9. mann1

    mann1 رجل المواقف إداري

    إنضم إلينا في:
    ‏يونيو 10, 2009
    المشاركات:
    17,302
    الإعجابات المتلقاة:
    18,297
    نقاط الجوائز:
    128
    الجنس:
    ذكر
    مكان الإقامة:
    مــــصـــر
    وعليكم السلام
    لا يوجد أي نوع من التعب، ربنا ييسر أمورك
    الصور لم تظهر، قم برفعها على أي موقع عام لرفع الصور، او ارفعها على جوجل خارج حسابك
    هذا رابط لملف water raw الذي أرسلته لي من قبل وقد قمت بتحويله لصيغة mzML ، وهي أحد الصيغ الشائعة التي يمكن لكل البرامج السابقة فتحها بسهولة.
    هذا المحتوى يظهر للاعضاء المسجلين فقط:
    هذا المحتوى يظهر للاعضاء المسجلين فقط:

    ---
    وهذ صورة tic Chromatogram و Spectra لنفس الملف بعد فتحها بواسطة تطبيق SeeMS ولكن بهيئة water raw مباشرة بدون تحويل، اي بصيغة الملف الاصلية التي أرسلتها.
    [​IMG]
    [​IMG]
     
  10. haaleem2060

    haaleem2060 New Member

    إنضم إلينا في:
    ‏أغسطس 24, 2018
    المشاركات:
    15
    الإعجابات المتلقاة:
    3
    نقاط الجوائز:
    3
    الجنس:
    ذكر
  11. mann1

    mann1 رجل المواقف إداري

    إنضم إلينا في:
    ‏يونيو 10, 2009
    المشاركات:
    17,302
    الإعجابات المتلقاة:
    18,297
    نقاط الجوائز:
    128
    الجنس:
    ذكر
    مكان الإقامة:
    مــــصـــر
    الشكر لله وحده أخي الكريم
    أعتقد أنك تحتاج لتثبيت حزم البرامج التالية للويندوز قبل تشغيل البرنامج
    Microsoft Visual C++ 2008 SP1 Redistributable Package
    هذه حزمة ويندوز 32 بت، إن كانت النسخة لديك 64 بت فثبت النسخة المناسبة لجهازك
    https://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=5582
    --
    Microsoft .NET Framework 3.5 Service Pack 1
    https://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=22
    ---
    NET Framework 4.7.2
    https://dotnet.microsoft.com/download/thank-you/net472
    غالبا حتى بعد تنزيل هذه الحزم خاصة الثانية والثالثة يجب ان يكون الجهاز متصل بالنت، حتى يستكمل عملية التثبيت، ولا تقم بقطع الاتصال أثناء التحميل.
     

مشاركة هذه الصفحة