طلب مجموعة من برامج Docking (تم الرد)

الموضوع في 'قسم البرامج العلمية' بواسطة كاربونيوم, بتاريخ ‏يناير 1, 2018.

  1. كاربونيوم

    كاربونيوم Member

    إنضم إلينا في:
    ‏ابريل 20, 2008
    المشاركات:
    181
    الإعجابات المتلقاة:
    19
    نقاط الجوائز:
    18
    الجنس:
    ذكر
    مكان الإقامة:
    Iraq


    السلام عليكم ورحمة الله وبركاته اعزائي واساتذتي اعضاء المنتدى
    فضلاً منكم توفير اي من البرامج التالية وذلك لحاجتي اليه في اطروحة الدكتوراه
    وانا ممنون منكم جميعاً
    1. AutoDock
    2.CHARMM
    3.OPLS
    4.AMBER
    5.RMSD
    6.MOE MCDOCK
    7.Gold
    8.ICMDOCK

     
  2. mann1

    mann1 رجل المواقف إداري

    إنضم إلينا في:
    ‏يونيو 10, 2009
    المشاركات:
    16,522
    الإعجابات المتلقاة:
    17,192
    نقاط الجوائز:
    128
    الجنس:
    ذكر
    مكان الإقامة:
    مــــصـــر
    وعليكم السلام ورحمة الله وبركاته

    بعض هذه الطلبات عبارة عن برامج والبعض الآخر عبارة عن force fields وليست برامج

    البرامج هي
    AutoDock

    وهو برنامج مجاني تماما يعتمد على سطر اوامر Dos وله واجهة رسومية منفصلة تسمي ADT
    يمكن تحميل كل الادوات المتعلقة بالبرنامج من هنا:

    البرنامج له نسخة أحدث وادق تسمي AutoDock Vina

    رغم انه برنامج قديم إلا أنه من أقوي البرامج المجانية وتوقعه فيما يخص poses جيد جدا مقارنة مع البرامج الضخمة والغير مجانية، لذا انصحك به خاصة إن كان البروتين الذي تعمل عليه لا يحتاج فلز كعامل مساعد (metal cofactor)
    البرنامج برغم صغر حجمه إلا أن استخدامه معقد بعض الشيء وواجهته مربكة للمستخدم المبتدئ
    ====

    برنامج
    Gold suit 5.3

    واحدا من البرامج الغير مجانية ، وتوقعه رائع فيما يخص poses وحساب قيم النقاط scoring ، أما أهم ما يميزه فهو تعامله الممتاز مع البروتينات التي تضم فلزات كعوامل مساعدة ، ويتعرف عليها تلقائيا ويقوم بحساب شحنة الفلز، نسخة 2017 ضخمة جدا وتم دمجها مع قاعدة بيانات CCDC ، لكن النسخة المنفردة من البرنامج هي نسخة
    Gold suit 5.3

    ويمكن تحميلها من الرابط التالي مع الكراك
    حجم البرنامج حوالي 268 ميجا

    هذا المحتوى يظهر للاعضاء المسجلين فقط:
    هذا المحتوى يظهر للاعضاء المسجلين فقط:

    البرنامج سهل الاستخدام إلى حد ما، لكن ايضا يحتاج لتدريب وممارسة
    ===

    برنامج MOE
    وهو أحد البرامج الغير مجانية والضخمة جدا، وهو منصة عمل متكاملة، والعاملون في مجال Molecular Biology والبروتينات يفضلونه فهو يضم محرر منفصل لانشاء سلاسل الأاحماض الأمينية من الصفر ، كما انه يضم عدد كبيرمن أحدث force fields ، ويعطي تحكم كامل على بنية وبيئة البروتينات.

    من التجربة الشخصية للبرنامج في عمل Docking اتضح لي أن هذا الوحش الضخم يحمل عيوب كثيره:

    أولأ، يحتاج لحاسوب ذو إمكانيات مرتفعة حتى يعمل باقصى طاقته
    ثانيا، فيما يخص توقع poses فهو يقدم أداءا متوسط وغالبا ما يفشل في استنتاج التموضعات والنقاط الصحيحة
    ثالثا، برغم من إمكانياته العالية إلا أنه لا يتعرف على العوامل المساعدة في البروتينات (Cofactores) ولا يتعرف على الفلزات المرفقة، لذا فهم يتعامل فقط مع Apoprotiens
    رابعا، صعوبة الاستخدام، فبالرغم من واجهته المنظمة لكنه معقد ويتطلب تدريبا طويلا حتى تتعامل مع الأوامر الرئيسية به.

    لذا لا انصح به إن كان عملك يتركز فقط على Docking دون الحاجة للتحكم في بنية البروتينات وخصائصها.
    لو احتجته أخبرني ربما أقوم بعمل مشاركة منفصله به
    ===

    برنامج
    molsoft icm

    لم أقم بتجريبه، وهو مجاني لكنه يتطلب التسجيل بالموقع لكي يرسلو لك رابط التحميل والتفعيل

    ===
    بقية المطلوب وهو

    CHARMM
    OPLS
    AMBER

    ليست برامج بل
    force fields
    وهو مصطلح يعني مجموعة المعادلات الرياضية التي تحسب شحنة البروتين والجزيئات الكبيرة وتقوم بعمل Energy minimization للبروتين قبل إجراء عملية Docking،
    وتأتي متضمنة في البرامج الكبيرة مثل MOE ، أو تاتي في برامج منفصلة حيث تقوم أولا بعمل الحسابات على بنية البروتين، ثم حفظه ثم تفتحه في برنامج Docking، ومن ضمن البرامج المنفصلة التي تقوم بهذه المهمه

    برنامج

    GROMACS
    ويمكنك تحميله من الرابط التالي:

    مع العلم أن برامج مثل Gold

    و
    AutoDock

    غالبا لا تتطلب هذه الخطوة
    ====
    موضوع Docking طويل ومتشعب، والكلام فيه يطول، لذ النصيحة ركز على برنامج واحد فقط حتى تجيده.
     
    أعجب بهذه المشاركة chimista dz
  3. كاربونيوم

    كاربونيوم Member

    إنضم إلينا في:
    ‏ابريل 20, 2008
    المشاركات:
    181
    الإعجابات المتلقاة:
    19
    نقاط الجوائز:
    18
    الجنس:
    ذكر
    مكان الإقامة:
    Iraq
    جزاك الله خير استاذي العزيز وجعلها الله في ميزان حسناتك ونفع بك الامة
    استاذي انا لازلت مبتدئاً بهذا المجال وسوف اعمل بنصيحتك لي واركز على Docking
    ولاكن ارجو مساعدتي في هذا الموضوع قدر المستطاع
    وادامكم الله سالمين
     
    أعجب بهذه المشاركة mann1
  4. mann1

    mann1 رجل المواقف إداري

    إنضم إلينا في:
    ‏يونيو 10, 2009
    المشاركات:
    16,522
    الإعجابات المتلقاة:
    17,192
    نقاط الجوائز:
    128
    الجنس:
    ذكر
    مكان الإقامة:
    مــــصـــر
    بارك الله بك اخي العزيز
    لا أدعي خبرة بالمجال، لكن يمكنك أن تقول أنني لا زلت أتعلمه وأسبقك ببضع خطوات في عملية التعلم لا أكثر
    ولو لديك سؤال محدد أخبرني وسوف أحاول الرد عليه إن أمكن بإذن الله
    أنصحك بالبدأ ببرنامج Gold ​
     
  5. كاربونيوم

    كاربونيوم Member

    إنضم إلينا في:
    ‏ابريل 20, 2008
    المشاركات:
    181
    الإعجابات المتلقاة:
    19
    نقاط الجوائز:
    18
    الجنس:
    ذكر
    مكان الإقامة:
    Iraq
    السلام عليكم ورحمة الله وبركاته دكتوري العزيز
    جزاك الله خير استاذي الفاضل وبدون زحمة عليك اذا تكدر محتاج برنامجMOE
    وانا شاكر لفضلك
     

مشاركة هذه الصفحة