طلب مجموعة من برامج Docking (تم الرد)
- بادئ الموضوع كاربونيوم
- تاريخ البدء
وعليكم السلام ورحمة الله وبركاته
بعض هذه الطلبات عبارة عن برامج والبعض الآخر عبارة عن force fields وليست برامج
البرامج هي
AutoDock
وهو برنامج مجاني تماما يعتمد على سطر اوامر Dos وله واجهة رسومية منفصلة تسمي ADT
يمكن تحميل كل الادوات المتعلقة بالبرنامج من هنا:
http://autodock.scripps.edu/resources/adt
البرنامج له نسخة أحدث وادق تسمي AutoDock Vina
رغم انه برنامج قديم إلا أنه من أقوي البرامج المجانية وتوقعه فيما يخص poses جيد جدا مقارنة مع البرامج الضخمة والغير مجانية، لذا انصحك به خاصة إن كان البروتين الذي تعمل عليه لا يحتاج فلز كعامل مساعد (metal cofactor)
البرنامج برغم صغر حجمه إلا أن استخدامه معقد بعض الشيء وواجهته مربكة للمستخدم المبتدئ
====
برنامج
Gold suit 5.3
واحدا من البرامج الغير مجانية ، وتوقعه رائع فيما يخص poses وحساب قيم النقاط scoring ، أما أهم ما يميزه فهو تعامله الممتاز مع البروتينات التي تضم فلزات كعوامل مساعدة ، ويتعرف عليها تلقائيا ويقوم بحساب شحنة الفلز، نسخة 2017 ضخمة جدا وتم دمجها مع قاعدة بيانات CCDC ، لكن النسخة المنفردة من البرنامج هي نسخة
Gold suit 5.3
ويمكن تحميلها من الرابط التالي مع الكراك
حجم البرنامج حوالي 268 ميجا
البرامج هي
AutoDock
وهو برنامج مجاني تماما يعتمد على سطر اوامر Dos وله واجهة رسومية منفصلة تسمي ADT
يمكن تحميل كل الادوات المتعلقة بالبرنامج من هنا:
http://autodock.scripps.edu/resources/adt
البرنامج له نسخة أحدث وادق تسمي AutoDock Vina
رغم انه برنامج قديم إلا أنه من أقوي البرامج المجانية وتوقعه فيما يخص poses جيد جدا مقارنة مع البرامج الضخمة والغير مجانية، لذا انصحك به خاصة إن كان البروتين الذي تعمل عليه لا يحتاج فلز كعامل مساعد (metal cofactor)
البرنامج برغم صغر حجمه إلا أن استخدامه معقد بعض الشيء وواجهته مربكة للمستخدم المبتدئ
====
برنامج
Gold suit 5.3
واحدا من البرامج الغير مجانية ، وتوقعه رائع فيما يخص poses وحساب قيم النقاط scoring ، أما أهم ما يميزه فهو تعامله الممتاز مع البروتينات التي تضم فلزات كعوامل مساعدة ، ويتعرف عليها تلقائيا ويقوم بحساب شحنة الفلز، نسخة 2017 ضخمة جدا وتم دمجها مع قاعدة بيانات CCDC ، لكن النسخة المنفردة من البرنامج هي نسخة
Gold suit 5.3
ويمكن تحميلها من الرابط التالي مع الكراك
حجم البرنامج حوالي 268 ميجا
[hide]http://nitroflare.com/view/70984CEF75435CA/ikd31.CCDCGoS53Windows.rar/free[/hide]
البرنامج سهل الاستخدام إلى حد ما، لكن ايضا يحتاج لتدريب وممارسة
===
برنامج MOE
وهو أحد البرامج الغير مجانية والضخمة جدا، وهو منصة عمل متكاملة، والعاملون في مجال Molecular Biology والبروتينات يفضلونه فهو يضم محرر منفصل لانشاء سلاسل الأاحماض الأمينية من الصفر ، كما انه يضم عدد كبيرمن أحدث force fields ، ويعطي تحكم كامل على بنية وبيئة البروتينات.
من التجربة الشخصية للبرنامج في عمل Docking اتضح لي أن هذا الوحش الضخم يحمل عيوب كثيره:
أولأ، يحتاج لحاسوب ذو إمكانيات مرتفعة حتى يعمل باقصى طاقته
ثانيا، فيما يخص توقع poses فهو يقدم أداءا متوسط وغالبا ما يفشل في استنتاج التموضعات والنقاط الصحيحة
ثالثا، برغم من إمكانياته العالية إلا أنه لا يتعرف على العوامل المساعدة في البروتينات (Cofactores) ولا يتعرف على الفلزات المرفقة، لذا فهم يتعامل فقط مع Apoprotiens
رابعا، صعوبة الاستخدام، فبالرغم من واجهته المنظمة لكنه معقد ويتطلب تدريبا طويلا حتى تتعامل مع الأوامر الرئيسية به.
البرنامج سهل الاستخدام إلى حد ما، لكن ايضا يحتاج لتدريب وممارسة
===
برنامج MOE
وهو أحد البرامج الغير مجانية والضخمة جدا، وهو منصة عمل متكاملة، والعاملون في مجال Molecular Biology والبروتينات يفضلونه فهو يضم محرر منفصل لانشاء سلاسل الأاحماض الأمينية من الصفر ، كما انه يضم عدد كبيرمن أحدث force fields ، ويعطي تحكم كامل على بنية وبيئة البروتينات.
من التجربة الشخصية للبرنامج في عمل Docking اتضح لي أن هذا الوحش الضخم يحمل عيوب كثيره:
أولأ، يحتاج لحاسوب ذو إمكانيات مرتفعة حتى يعمل باقصى طاقته
ثانيا، فيما يخص توقع poses فهو يقدم أداءا متوسط وغالبا ما يفشل في استنتاج التموضعات والنقاط الصحيحة
ثالثا، برغم من إمكانياته العالية إلا أنه لا يتعرف على العوامل المساعدة في البروتينات (Cofactores) ولا يتعرف على الفلزات المرفقة، لذا فهم يتعامل فقط مع Apoprotiens
رابعا، صعوبة الاستخدام، فبالرغم من واجهته المنظمة لكنه معقد ويتطلب تدريبا طويلا حتى تتعامل مع الأوامر الرئيسية به.
لذا لا انصح به إن كان عملك يتركز فقط على Docking دون الحاجة للتحكم في بنية البروتينات وخصائصها.
لو احتجته أخبرني ربما أقوم بعمل مشاركة منفصله به
===
برنامج
molsoft icm
لم أقم بتجريبه، وهو مجاني لكنه يتطلب التسجيل بالموقع لكي يرسلو لك رابط التحميل والتفعيل
https://www.molsoft.com/download.html
===
بقية المطلوب وهو
CHARMM
OPLS
AMBER
ليست برامج بل
force fields
وهو مصطلح يعني مجموعة المعادلات الرياضية التي تحسب شحنة البروتين والجزيئات الكبيرة وتقوم بعمل Energy minimization للبروتين قبل إجراء عملية Docking،
وتأتي متضمنة في البرامج الكبيرة مثل MOE ، أو تاتي في برامج منفصلة حيث تقوم أولا بعمل الحسابات على بنية البروتين، ثم حفظه ثم تفتحه في برنامج Docking، ومن ضمن البرامج المنفصلة التي تقوم بهذه المهمه
برنامج
GROMACS
ويمكنك تحميله من الرابط التالي:
http://www.gromacs.org/Downloads
مع العلم أن برامج مثل Gold
لا تتطلب هذه الخطوة
====
موضوع Docking طويل ومتشعب، والكلام فيه يطول، لذ النصيحة ركز على برنامج واحد فقط حتى تجيده.
لو احتجته أخبرني ربما أقوم بعمل مشاركة منفصله به
===
برنامج
molsoft icm
لم أقم بتجريبه، وهو مجاني لكنه يتطلب التسجيل بالموقع لكي يرسلو لك رابط التحميل والتفعيل
https://www.molsoft.com/download.html
===
بقية المطلوب وهو
CHARMM
OPLS
AMBER
ليست برامج بل
force fields
وهو مصطلح يعني مجموعة المعادلات الرياضية التي تحسب شحنة البروتين والجزيئات الكبيرة وتقوم بعمل Energy minimization للبروتين قبل إجراء عملية Docking،
وتأتي متضمنة في البرامج الكبيرة مثل MOE ، أو تاتي في برامج منفصلة حيث تقوم أولا بعمل الحسابات على بنية البروتين، ثم حفظه ثم تفتحه في برنامج Docking، ومن ضمن البرامج المنفصلة التي تقوم بهذه المهمه
برنامج
GROMACS
ويمكنك تحميله من الرابط التالي:
http://www.gromacs.org/Downloads
مع العلم أن برامج مثل Gold
لا تتطلب هذه الخطوة
====
موضوع Docking طويل ومتشعب، والكلام فيه يطول، لذ النصيحة ركز على برنامج واحد فقط حتى تجيده.
بارك الله بك اخي العزيز
لا أدعي خبرة بالمجال، لكن يمكنك أن تقول أنني لا زلت أتعلمه وأسبقك ببضع خطوات في عملية التعلم لا أكثر
ولو لديك سؤال محدد أخبرني وسوف أحاول الرد عليه إن أمكن بإذن الله
أنصحك بالبدأ ببرنامج Gold
لا أدعي خبرة بالمجال، لكن يمكنك أن تقول أنني لا زلت أتعلمه وأسبقك ببضع خطوات في عملية التعلم لا أكثر
ولو لديك سؤال محدد أخبرني وسوف أحاول الرد عليه إن أمكن بإذن الله
أنصحك بالبدأ ببرنامج Gold