المصدر: طلب مجموعة من برامج Docking (تم الرد) في منتدى : قسم البرامج العلمية السلام عليكم ورحمة الله وبركاته اعزائي واساتذتي اعضاء المنتدى فضلاً منكم توفير اي من البرامج التالية وذلك لحاجتي اليه في اطروحة الدكتوراه وانا ممنون منكم جميعاً 1. AutoDock 2.CHARMM 3.OPLS 4.AMBER 5.RMSD 6.MOE MCDOCK 7.Gold 8.ICMDOCK
وعليكم السلام ورحمة الله وبركاته بعض هذه الطلبات عبارة عن برامج والبعض الآخر عبارة عن force fields وليست برامج البرامج هي AutoDock وهو برنامج مجاني تماما يعتمد على سطر اوامر Dos وله واجهة رسومية منفصلة تسمي ADT يمكن تحميل كل الادوات المتعلقة بالبرنامج من هنا: البرنامج له نسخة أحدث وادق تسمي AutoDock Vina رغم انه برنامج قديم إلا أنه من أقوي البرامج المجانية وتوقعه فيما يخص poses جيد جدا مقارنة مع البرامج الضخمة والغير مجانية، لذا انصحك به خاصة إن كان البروتين الذي تعمل عليه لا يحتاج فلز كعامل مساعد (metal cofactor) البرنامج برغم صغر حجمه إلا أن استخدامه معقد بعض الشيء وواجهته مربكة للمستخدم المبتدئ ==== برنامج Gold suit 5.3 واحدا من البرامج الغير مجانية ، وتوقعه رائع فيما يخص poses وحساب قيم النقاط scoring ، أما أهم ما يميزه فهو تعامله الممتاز مع البروتينات التي تضم فلزات كعوامل مساعدة ، ويتعرف عليها تلقائيا ويقوم بحساب شحنة الفلز، نسخة 2017 ضخمة جدا وتم دمجها مع قاعدة بيانات CCDC ، لكن النسخة المنفردة من البرنامج هي نسخة Gold suit 5.3 ويمكن تحميلها من الرابط التالي مع الكراك حجم البرنامج حوالي 268 ميجا هذا المحتوى يظهر للاعضاء المسجلين فقط: هذا المحتوى يظهر للاعضاء المسجلين فقط: البرنامج سهل الاستخدام إلى حد ما، لكن ايضا يحتاج لتدريب وممارسة === برنامج MOE وهو أحد البرامج الغير مجانية والضخمة جدا، وهو منصة عمل متكاملة، والعاملون في مجال Molecular Biology والبروتينات يفضلونه فهو يضم محرر منفصل لانشاء سلاسل الأاحماض الأمينية من الصفر ، كما انه يضم عدد كبيرمن أحدث force fields ، ويعطي تحكم كامل على بنية وبيئة البروتينات. من التجربة الشخصية للبرنامج في عمل Docking اتضح لي أن هذا الوحش الضخم يحمل عيوب كثيره: أولأ، يحتاج لحاسوب ذو إمكانيات مرتفعة حتى يعمل باقصى طاقته ثانيا، فيما يخص توقع poses فهو يقدم أداءا متوسط وغالبا ما يفشل في استنتاج التموضعات والنقاط الصحيحة ثالثا، برغم من إمكانياته العالية إلا أنه لا يتعرف على العوامل المساعدة في البروتينات (Cofactores) ولا يتعرف على الفلزات المرفقة، لذا فهم يتعامل فقط مع Apoprotiens رابعا، صعوبة الاستخدام، فبالرغم من واجهته المنظمة لكنه معقد ويتطلب تدريبا طويلا حتى تتعامل مع الأوامر الرئيسية به. لذا لا انصح به إن كان عملك يتركز فقط على Docking دون الحاجة للتحكم في بنية البروتينات وخصائصها. لو احتجته أخبرني ربما أقوم بعمل مشاركة منفصله به === برنامج molsoft icm لم أقم بتجريبه، وهو مجاني لكنه يتطلب التسجيل بالموقع لكي يرسلو لك رابط التحميل والتفعيل === بقية المطلوب وهو CHARMM OPLS AMBER ليست برامج بل force fields وهو مصطلح يعني مجموعة المعادلات الرياضية التي تحسب شحنة البروتين والجزيئات الكبيرة وتقوم بعمل Energy minimization للبروتين قبل إجراء عملية Docking، وتأتي متضمنة في البرامج الكبيرة مثل MOE ، أو تاتي في برامج منفصلة حيث تقوم أولا بعمل الحسابات على بنية البروتين، ثم حفظه ثم تفتحه في برنامج Docking، ومن ضمن البرامج المنفصلة التي تقوم بهذه المهمه برنامج GROMACS ويمكنك تحميله من الرابط التالي: مع العلم أن برامج مثل Gold لا تتطلب هذه الخطوة ==== موضوع Docking طويل ومتشعب، والكلام فيه يطول، لذ النصيحة ركز على برنامج واحد فقط حتى تجيده.
جزاك الله خير استاذي العزيز وجعلها الله في ميزان حسناتك ونفع بك الامة استاذي انا لازلت مبتدئاً بهذا المجال وسوف اعمل بنصيحتك لي واركز على Docking ولاكن ارجو مساعدتي في هذا الموضوع قدر المستطاع وادامكم الله سالمين
بارك الله بك اخي العزيز لا أدعي خبرة بالمجال، لكن يمكنك أن تقول أنني لا زلت أتعلمه وأسبقك ببضع خطوات في عملية التعلم لا أكثر ولو لديك سؤال محدد أخبرني وسوف أحاول الرد عليه إن أمكن بإذن الله أنصحك بالبدأ ببرنامج Gold
السلام عليكم ورحمة الله وبركاته دكتوري العزيز جزاك الله خير استاذي الفاضل وبدون زحمة عليك اذا تكدر محتاج برنامجMOE وانا شاكر لفضلك
